Wyposażenie

Aparat Miseq Illumina

Urządzenie służące do masowego sekwencjonowania fragmentów DNA, należące do metod tzw. sekwencjonowania nowej generacji (NGS). Miseq należy do urządzeń o średniej przepustowości, tzn. pozwala na uzyskiwanie do 25 milionów odczytów o sumarycznej długości 15 Gb. Miseq umożliwia uzyskiwanie najdłuższych odczytów (2x300bpz) spośród obecnie dostępnych na rynku urządzeń do sekwencjonowania NGS, pozwalając jednocześnie na uzyskiwanie bardzo wysokiej jakości odczytów. 

Miseq Illumina może być wykorzystywany do następujących celów:

• sekwencjonowania amplikonów, (np. grup genów związanych z chorobą), losowych fragmentów dużych genom roślinnych do metody genotypowania przez sekwencjonowanie (GBS)

• sekwencjonowania genomów i transkryptomów mikroorganizmów
• metagenomiczna analiza składu mikrobioty na podstawie fragmentów genu 16S.

fot. by QIAGEN

QIAGEN CLC Genomics WorkbenchSzybko rozwijające się metody sekwencjonowania nowej generacji (NGS) pozwalają, w chwili obecnej, na uzyskiwanie gigantycznych ilości danych sekwencyjnych. Niektóre z platform NGS umożliwiają w jednej reakcji na pełne sekwencjonowanie całych genomów eukariotycznych, liczba odczytów sięga miliardów, ilość danych sięga kilkudziesięciu Tbp. Odczyty sekwencji w technologii NGS występują jednak w postaci milionów krótkich sekwencji, które w celu interpretacji winku, muszą zostać poddane skomplikowanym obróbkom bioinformatycznym. Obecnie metody sekwencjonowania są bardzo wydajne oraz wysoko zautomatyzowane, co powoduje, że główny wysiłek badawczy związany jest z obróbką i interpretacją gigantycznych ilości danych. Oprogramowanie QIAGEN CLC Genomics Workbench, którego licencję posiada Katedra Biochemii i Biotechnologii, to bardzo rozwinięte narzędzie bioinformatyczne pozwalające na kompleksową obróbkę różnego rodzaju danych sekwencyjnych.

Program pozwala na:

• wstępną obróbkę surowych danych wyjściowych z wszystkich dostępnych na rynku platform NGS.
• mapowanie odczytów NGS na sekwencji referencyjnej oraz detekcję wariantów SNP
• składanie de novo sekwencji genomów i transktyptomów

• dodawani adnotacji do sekwencji genomów i transkryptomów,
• analiza funkcjonalna na podstawie baz ontologicznych GO, KEEG, COG
• analizy z zakresu tzw. metagenomiki sekwencji ze złożonych środowisk mikrobiologicznych
• identyfikacja metylacji DNA

Sekwenator kapilarny ABI 3500

To automatyczny instrument zaprojektowany do wszechstronnej analizy genetycznej opartym na technologii kapilarnej elektroforezy z 8 kapilarami i zintegrowanym z oprogramowaniem do gromadzenia danych. Co ważne bezproblemowo integruje się z kilkoma różnymi pakietami oprogramowania Applied Biosystems™, zapewniając kompleksową analizę danych genetycznych. Działanie systemu, począwszy od nałożenia próbek do analizy danych, jest w pełni zautomatyzowane i opiera się na laserowo indukowanej fluorescencji w kilku pasmach spektralnych. System może obsługiwać szeroką gamę aplikacji, poza sekwencjonowaniem umożliwia prowadzenie szeregu najczęściej stosowanych analiz DNA, w tym: analizę wielkości fragmentów, analizę AFLP, wykrywanie heterozygot a także analizę mikrosatelitarną, lub badania przesiewowe MLPA, LOH, MLST i SNP.

PyroMark Q48 Autoprep

Pirosekwenator PyroMark Q48 Autoprep jest najnowszym sekwenatorem w Katedrze Biochemii i Biotechnologii. W porównaniu do pirosekwenatorów wcześniejszej generacji, PyroMark Q48 posiada automatykę i modyfikacje ze strony chemicznej jak i ze strony algorytmu samego aparatu. Pozwala to na zmniejszenie tła i zwiększenie w ten sposób długość i niezawodność odczytu. Znacznie zwiększa to długość i dokładność odczytu sekwencji, analizę mutacji i analizę metylacji. Wielkość analizy w trakcie jednej reakcji to sekwencja długości ok 140 pz. Unikatowość pirosekwencjonowania polega na metodzie opartej na określaniu sekwencji DNA w trybie czasu rzeczywistego z wykorzystaniem unikatowego zestawu reakcji enzymatycznych i uzyskania emisji światła, którego intensywność określa liczbę wbudowanych nukleotydów.

System wysokosprawnej chromatografii cieczowej (HPLC)

System wysokosprawnej chromatografii cieczowej (HPLC) firmy Jasco wyposażony jest w detektor z matrycą fotodiodową (DAD) i system czterech pomp dzięki którym możliwe jest rozdzielanie mieszanin związków poprzez precyzyjne mieszanie czterech eluentów jednocześnie. Pozwala to na wykonanie szerokiego spektrum analiz jakościowych i ilościowych. W Katedrze system ten rutynowo stosowany jest do oczyszczania, badania czystości oraz identyfikacji związków chemicznych z wykorzystaniem kolumn wypełnionych nośnikami o różnych właściwościach chemicznych. System ten służy do rozdzielania i identyfikacji metabolitów pochodzących z różnych materiałów biologicznych takich jak bakterie, grzyby, rośliny czy zwierzęta. Wykorzystywany jest do analiz peptydów, poliamin, flawonoidów, stilbenów i nukleotydów. Ponadto służy do badań nad aktywnością różnych enzymów bakteryjnych, roślinnych i zwierzęcych.

Wysokosprawna/wysokociśnieniowa chromatografia cieczowa (Ultra High Performance/Pressure Liquid Chromatography) UHPLC 1260 Infinity Agilent Technologies

Chromatograf wyposażony jest w pompę gradientową 4-tłokową, degazer próżniowy czterokanałowy, termostat kolumnowy (zakres temperatur: od 10^oC poniżej temp. otoczenia do + 80^oC), detektor diodowy (zakres długości fal: 190-640 nm), detektor fluorescencyjny (zakres dla emisji 280 – 1200 nm) i zestaw komputerowy z oprogramowaniem (zbieranie i obróbka danych, tworzenie raportów, widma 3D, tworzenie własnych bibliotek widm).

Chromatograf posiada możliwość tworzenia gradientu dwuskładnikowego z czterech dostępnych rozpuszczalników. Aparat daje możliwość automatycznego podawania próbek z nastrzykiem od 0,1 do 40 µl i możliwością jednoczesnego zbierania sygnału przy ośmiu długościach fali. Ze względu na sprzężenie chromatografu z dodatkową pompą, możliwe jest stosowanie derywatyzacji post kolumnowej co zapewnia zwiększenie czułości metody.

Chromatograf wykorzystywany jest do pomiaru poziomu aminokwasów, białek, metabolitów wtórnych, zarówno zwierzęcych jak i roślinnych.

Czytniki płytek ELx808 BioTek i infinite M200PRO TECAN

Urządzenia umożliwiają pomiar absorbancji, fluorescencji i luminescencji przy dużej dokładności, czułości i powtarzalności. Dzięki małej objętości materiału koniecznej do pomiaru i zastosowaniu płytek wielodołkowych, aparaty dają możliwość analizy dużej ilości próbek, przy znacznej oszczędności kosztów. Tryb badań czytników płytek pozwalaj również na pomiar kinetyki reakcji.

Mikroskop Axiovert 200

To mikroskop odwrócony, fluorescencyjny, dedykowany do prac z zakresu nauk biologicznych. System ten wyróżnia znakomita optyka o szerokim zakresie celów ICS (Infinity-Color-Corrected), z innowacyjnymi kondensatorami i zoptymalizowaną fluorescencją. Obiektywy (10x, 20x, 40x, 100x olejowy) i kondensor typu long dystance (LD) pozwalają na pracę przy długiej odległości roboczej, co jest szczególnie ważne w mikroskopii odwróconej przy obrazowaniu grubych krawędzi. Uzyskany w tym trybie obraz charakteryzuje się wysokim kontrastem i niskim tłem. Źródło światła stanowi lampa halogenowa. System ten posiada również możliwość dokumentacji obrazów i archiwizacji danych w sprzężonym komputerze z oprogramowaniem DLT CamViewe.

Kriostat CM 1520 Leica

Zakres regulacji temperatury kriostatu wynosi od 0°C do –30°C. Urządzenie posiada również półkę szybkiego zamrażania na 10 podstawek z preparatami. Kriostat wewnątrz komory posiada wbudowany mikrotom z przestrzenną regulacją położenia głowicy z preparatem o 8^o (X/Y) i obrót 360 ^o. Zakres grubości cięcia mikrotomu wynosi od 2 μm do 60 μm, w krokach co 0,5 μm dla grubości 2 μm - 5 μm; co 1 μm dla grubości 5 μm - 20 μm i co 5 μm dla grubości 20 μm do 60 μm.

Zetasizer Pro

Zetasizer Pro firmy Malvern Panalytical to analizator wielkości cząstek nanometrycznych i potencjału zeta.

Umożliwia pomiar wielkości i ruchliwości elektroforetycznej lub potencjału zeta koloidów, nanocząstek, polimerów i białek.

Przykładowe zastosowania: charakterystyka wielkości i ładunku powierzchniowgo koloidów i nanocząstek, badanie przesiewowe preparatów białkowych pod kątem stabilności koloidalnej i obecności agregatów, ocena trwałości i stabilności złożonych preparatów.

Wybrane parametry analityczne:

Dla pomiaru wielkości cząstek metodą dynamicznego rozpraszania światła (DLS, Dynamic Light Scattering):

• Kąty pomiaru: 173 stopnie oraz 13 stopni.
• Zakres pomiarowy od 0,3 nm do 10 μm
• Minimalne stężenie próbki – 0,1 mg/ml dla białka 14,3 kDa przy kącie pomiarowym 173 stopnie
• Maksymalne stężenie próbki - 40% wag./obj.
• Pomiar w zakresie temperatur od 0 do 120°C

Dla pomiaru potencjału zeta metodą ELS (Electrophoretic Light Scattering):

• Zakres wielkości cząstek przy pomiarze potencjału zeta: 3,8 nm – 100 μm.
• Czułość dla pomiarów potencjału zeta: 10 mg/ml (dla białka 14,3 kDa)
• Zakres mobilności elektroforetycznej: > ±20 µmcm/Vs
• Maksymalna przewodność próbki: 260 mS/cm z dokładność pomiaru przewodności: 10%
• Pomiar w kuwetach jednorazowych. Możliwość wykonywania pomiarów delikatnych próbek z wykorzystaniem techniki bariery dyfuzyjnej.
• Pomiar w zakresie temperatur od 0 do 120°C

Mikroskop laboratoryjny Leica DM2000 LED z wyposażeniem oraz modułem fluorescencji

Zaawansowany mikroskop laboratoryjny z oświetleniem LED. Dedykowany do wszystkich technik obserwacji w tym również kontrastu Nomarskiego (DIC). Mikroskop wykorzystywany do obserwacji preparatów biologicznych. Dzięki zastosowaniu obiektywów o długości parfokalnej max. 45mm o następujących parametrach: 5x/0,12 W.D. 14,0mm, 10x/0,25 W.D. 17,6mm, 20x/0,40 W.D. 0,39mm oraz 63x/0,80 W.D. 0,26mm mikroskop wykorzystywany jest do obserwacji zarówno preparatów świeżych jak i utrwalonych w trybie pola jasnego, ciemnego, kontrastu fazowego, fluorescencji i DIC. Kolorowa kamera cyfrowa o rozdzielczości rozdzielczość 8 mln pixeli wraz z oprogramowaniem kompatybilnym z Windows umożliwia nakładanie sygnałów FL, składanie obrazów w osi XY, składanie obrazów w osi Z, pomiary interaktywne oraz nagrywanie dynamiki zmiany w funkcji video.

ZOE^TM Fluorescent Cell Imager

Kompletny system cyfrowego obrazowania fluorescencyjnego łączący w sobie łatwość użycia osobistego tabletu z mocą odwróconego mikroskopu. Platforma ZOE^TM Cell Imager oparta jest na systemie Android i wykorzystuje intuicyjny interfejs z ekranem dotykowym do sterowania jasnym polem, trzema kanałami fluorescencji i zintegrowaną kamerą cyfrową. Umożliwia tworzenie wielokolorowych nakładek. Dzięki wbudowanej osłonie przed światłem,

ZOE^TM Cell Imager nie wymaga ciemni do obrazowania fluorescencyjnego.

Zastosowanie:

• wizualna ocena konfluencji komórek,
• obserwacja ogólnego stanu i morfologii komórek,
• monitorowanie wzrostu i proliferacji komórek,
• wizualizacja ekspresji białek fluorescencyjnych,
• lokalizacja białek immunofluorescencyjnych,
• szacowanie wydajności transfekcji.

Nukleofector 2b Device

Oparty na pojedynczej kuwecie system NucleofectorTM to urządzenie do wydajnej transfekcji trudnych do transfekcji linii komórkowych i komórek pierwotnych różnymi wektorami DNA lub oligonukleotydami siRNA w formacie niskoprzepustowym.

Urządzenie Nucleofector™ 2b może być również używane do transformacji bakterii przy użyciu alternatywnych kuwet.

Aparat do digital PCR

QIAcuity One od firmy Qiagen jest unikatowym urządzeniem na skalę kraju - ma pięć kanałów detekcji fluorescencji.

Urządzenie służy między innymi do analizy kopii genów, detekcji rzadkich mutacji, analizy mikrobiomu, miRNA i ekspresji genów.

Komora klimatyczna Conviron GEN1000-SH

Komora klimatyczna do hodowli roślin. GEN1000 wraz z fabrycznie zamontowanym wyposażeniem w wariancie SH przeznaczonym do inkubacji. Pojemność: 781 litrów. Drzwi zewnętrzne pełne. Nawiew poziomy przez perforację tylnej ściany.

2 poziomy hodowli o wysokości 510 mm. Półki ażurowe 940 x 560 mm z regulowaną wysokością zawieszenia (2 szt.).

Zakres nastawy temperatury: +4°C do +40°C (+10°C do +45°C przy wł. świetle). Oświetlenie fluorescencyjne, górne o natężeniu 550 μmol.

Nawilżanie ultradźwiękowe, addytywne do 90%RH (do 75%RH przy wł. świetle).

Zaawansowany sterownik CMP 6060 z kolorowym, dotykowym wyświetlaczem LCD o przekątnej 7". Konstruowanie programów zawierających do 48 kroków na dobę. Archiwizacja danych poprzez port USB. Kompleksowy system sygnalizacji stanów alarmowych. Zamek na klucz.