Zmiany ekspresji mikroRNA wywołane przez homocysteinę oraz tiolakton homocysteiny.
Cel prowadzonych badań/hipoteza badawcza Celem projektu jest weryfikacja hipotezy, że homocysteina oraz tiolakton homocysteiny wywołują zmiany ekspresji mikroRNA, które regulują geny zaangażowane w epigenetyczne mechanizmy.
MikroRNA stanowią klasę małych RNA, które odpowiadają za regulację ekspresji genów. Cząsteczki te swoiście przyłączają się do komplementarnego mRNA i przecinają go, w skutek czego dochodzi do obniżenia poziomu ekspresji genów. W naszych wstępnych badaniach wykazaliśmy wyraźny wpływ homocysteiny i tiolaktonu homocysteiny na poziom mRNA kodujących białka zaangażowane w mechanizmy epigenetyczne.
Ponieważ na poziomie białka obserwujemy znacznie mniejsze zmiany, chcemy przeanalizować wpływ omawianych metabolitów na profil ekspresji wybranych mikroRNA.
Nasza hipoteza zostanie przetestowana poprzez realizację poniższych celów badawczych:
- Wykrycie mikroRNA, których profil ekspresji zostaje zmieniony po dodaniu homocysteiny oraz tiolaktonu homocysteiny.
- Zdefiniowanie mikroRNA odpowiadających za regulację ekspresji genów CBX2, EHMT2, EZH2, SETD2, SMYD3 oraz innych genów zaangażowanych w regulacje epigenetyczne.
- Potwierdzenie oddziaływania wytypowanych mikroRNA z mRNA CBX2, EHMT2, EZH2, SETD2, SMYD3 oraz wybranymi genami.
- Ustalenie poziomu ekspresji wytypowanych w celu 2 genów na poziomie mRNA oraz białka.
- Analiza N-homocysteinylacji białek CBX2, EHMT2, EZH2, SETD2, SMYD3 i innych białek przy zastosowaniu wysokosprawnej chromatografii cieczowej i spektrometrii mas.
